تتميز لعبة Shin Megami Tensei V: Vengeance بمسارين قصصيين كاملين: مسار "Canon of Vengeance" الجديد، يروي هذا المسار قصة درامية عن الانتقام، ومسار "Canon of Creation" الأصلي، صراع أبدي بين الملائكة والشياطين حيث يقاتل البطل من أجل مصير العالم.
خلال تجوال بطلنا في شوارع طوكيو الحديثة، يصادف مسرح جريمة بشعة تُعيق مسار عودته إلى منزله، مما دفعه إلى تغيير مساره، ولكن سرعان ما انقلبت الأمور رأسًا على عقب، حيث يجد نفسه مدفونًا تحت الركام فاقدًا للوعي. يستيقظ البطل في طوكيو مختلفة عما يعرفه، حيث تحيط به أرض قاحلة اجتاحت أطلالها كارثة ما بعد دمار العالم، والتي تُعرف الآن باسم Da’at. قبل أن تطالب الشياطين المتعطشة للدماء بحياته، يظهر منقذ، ويتحد الاثنان معًا ليصبحا كيانًا جبارًا: Nahobino.
وبفضل القوة المكتشفة حديثًا، يجب على البطل شق طريقه عبر هذا العالم الغامض المليء بالآلهة الأسطورية والطغاة الشيطانيين.