Shin Megami Tensei V: Vengeance obsahuje dvě kompletní příběhové cesty: nový dramatický příběh pomsty „Canon of Vengeance“ a původní věčný konflikt mezi anděly a démony „Canon of Creation“, kde hlavní hrdina bojuje za osud světa.
Když se v současném Tokiu odehraje vražda, která hlavnímu hrdinovi překazí cestu domů, zůstane pohřbený a v bezvědomí. Probouzí se v novém Tokiu, pustině zpustošené apokalypsou, která se nyní nazývá Da'at. Než si krvežízniví démoni mohou vzít jeho život, objeví se zachránce a oba se spojí v mocnou bytost: Nahobino.
S nově nabytou mocí si musí hlavní hrdina proklestit vlastní cestu touto tajemnou říší plnou mytických božstev a démonických tyranů.