Den psykotiske AI, SHODAN, har taget magten på Citadel Station og forvandlet de ansatte til cyborgs og mutanter.
Du skal kæmpe dig vej gennem fjenderne og stoppe SHODAN, før hun gør det samme med Jorden som med denne rumstation, der er blevet et rent helvede.
Stop SHODAN for at afværge menneskehedens tilintetgørelse. Udslettelsen af hende er vores redning.