Shin Megami Tensei V: Vengeance sadrži dva potpuna smjera puta priče: novi „Canon of Vengeance”, dramatičnu priču o osveti, i originalni „Canon of Creation”, vječni sukob između anđela i demona u kojem se glavni junak bori za sudbinu svijeta.
Kada scena ubojstva u modernom Tokiju našem glavnom junaku blokira put kući, odlaskom na obilaznicu biva zatrpan i bez svijesti. On se budi u novom Tokiju, pustari opustošenoj apokalipsom koja se sada zove Da'at. Prije nego što krvožedni demoni uspiju uzeti njegov život, pojavljuje se spasitelj i njih dvojica se ujedinjuju kako bi postali moćno biće: Nahobino.
S novootkrivenom snagom, glavni lik mora pronaći vlastiti put kroz ovo zagonetno carstvo ispunjeno mitskim božanstvima i demonskim tiranima.