Shin Megami Tensei V: Vengeance obsahuje dve kompletné príbehové cesty: nový dramatický príbeh pomsty „Canon of Vengeance“ a pôvodný večný konflikt medzi anjelmi a démonmi „Canon of Creation“, kde hlavný hrdina bojuje za osud sveta.
Keď sa v súčasnom Tokiu odohrá vražda, ktorá hlavnému hrdinovi prekazí cestu domov, zostane pochovaný a v bezvedomí. Prebúdza sa v novom Tokiu, pustatine spustošenej apokalypsou, ktorá sa teraz nazýva Da'at. Než si krvilační démoni môžu vziať jeho život, objaví sa záchranca a obaja sa spoja v mocnú bytosť: Nahobino.
S novo nadobudnutou mocou si musí hlavný hrdina zvoliť vlastnú cestu touto tajomnou ríšou plnou mýtických božstiev a démonických tyranov.
