Shin Megami Tensei V: Vengeance innehåller två kompletta berättelser: den nya ”Canon of Vengeance”, en dramatisk berättelse om hämnd, och den ursprungliga ”Canon of Creation”, en evig konflikt mellan änglar och demoner där huvudpersonen kämpar för världens öde.
Vår huvudperson vaknar levande begravd efter att ha tagit en omväg runt en mordplats i nutidens Tokyo. Vad som hänt är oklart, men han vaknar upp i ett nytt Tokyo: en ödemark som härjats av apokalypsen och nu kallas Da’at. Innan blodtörstiga demoner kan ta hans liv dyker en räddare upp, och de två förenas till en mäktig varelse: en Nahobino.
Med sina nyfunna krafter måste huvudpersonen skapa sin egen väg genom detta gåtfulla rike fullt av mytomspunna gudar och demoniska tyranner.