Shin Megami Tensei V: Vengeance iki tam hikâye yolu içeriyor: Dramatik bir intikam hikâyesi olan yeni 'Canon of Vengeance' ve kahramanın dünyanın kaderi için savaştığı melekler ve iblisler arasındaki ebedi bir çatışma olan orijinal 'Canon of Creation'.
Günümüz Tokyo'sunda işlenen bir cinayet, kahramanımızın eve dönüş yolunu tıkayınca bu yol onu gömülü ve bilinçsiz bir hâlde bırakır. Artık Da'at olarak adlandırılan kıyametin harap ettiği çorak bir arazide, yeni bir Tokyo'da uyanır. Kana susamış iblisler onun canını alamadan önce bir kurtarıcı ortaya çıkar ve ikisi birleşerek güçlü bir varlık hâline gelir: Nahobino.
Yeni keşfedilen güçle, kahramanın efsanevi tanrılar ve şeytani tiranlarla dolu bu esrarengiz diyarda kendi yolunu çizmesi gerekiyor.
