Shin Megami Tensei V: Vengeance містить у собі дві повноцінні сюжетні лінії. Одна з них – нова «Канон відплати» – це драматична історія про помсту занепалих. Друга – «Канон створення», оригінальна сюжетна лінія Shin Megami Tensei V, що розповідає про вічну ворожнечу ангелів із демонами і в якій герой бореться за долю світу.
У Токіо сталося жахливе вбивство. Повертаючись додому, головний герой вирішує обійти місце події через тунель, але той несподівано обвалюється. Герой приходить до тями вже в іншому Токіо – пустелі, нині відомій як Да'ат. На хлопчика тут же нападають кровожерливі демони, але в останній момент йому на допомогу приходить таємничий незнайомець. Об'єднавшись, вони перетворюються на могутню істоту – нахобіно.
Отримавши нову силу, герой вирушає у подорож загадковим світом, який населяє безліч міфічних богів і жорстоких демонів.