Το Shin Megami Tensei V: Vengeance περιλαμβάνει δυο ολοκληρωμένα μονοπάτια στην ιστορία: το νέο «Canon of Vengeance», μια δραματική ιστορία εκδίκησης, αλλά και το πρωτότυπο «Canon of Creation», μια αιώνια σύγκρουση μεταξύ αγγέλων και δαιμόνων, στην οποία ο πρωταγωνιστής παλεύει για τη μοίρα του κόσμου.
Όταν ο τόπος ενός φονικού στο σύγχρονο Τόκιο εμποδίζει τον πρωταγωνιστή μας να φτάσει σπίτι, η παράκαμψη έχει ως αποτέλεσμα να βρεθεί θαμμένος κι αναίσθητος. Ξυπνά σε ένα νέο Τόκιο που, ερημωμένο από κάποιο καταστροφικό γεγονός, είναι γνωστό ως Da’at. Πριν προλάβουν να του αφαιρέσουν τη ζωή αιμοδιψείς δαίμονες, εμφανίζεται ένας σωτήρας και οι δυο τους ενώνονται για να γίνουν ένα παντοδύναμο πλάσμα: το Nahobino.
Με τη νέα του δύναμη, ο πρωταγωνιστής πρέπει να χαράξει το δικό του μονοπάτι σε αυτόν τον αινιγματικό κόσμο, που είναι γεμάτος με μυθικές θεότητες και δαιμονικούς τυράννους.
