Υπό τη λάμψη φωτισμού νέον, η τεχνολογική πρόοδος φέρνει καταναλωτική ευκολία που «καταβροχθίζει» τους ανθρώπους. Στις σκιές, γίνονται ετοιμασίες για πόλεμο μεταξύ Yagatarasu και Phantom Society και οι Devil Summoners τιθασεύουν τις απόκοσμες δυνάμεις των «Δαιμόνων».
Στην κρυφή θάλασσα των δεδομένων των ανθρώπων εντοπίζεται μια ψηφιακή συλλογική νοημοσύνη που φτάνει να αποκτήσει συνείδηση: η Aion. Παρατηρώντας εξ αποστάσεως την ανθρωπότητα, η Aion υπολογίζει πως η καταστροφή του κόσμου είναι επικείμενη και δημιουργεί δυο πράκτορες για να την αποτρέψουν: Τις Ringo και Figue.
Μαζί, αυτοί οι πράκτορες της Aion πρέπει να ερευνήσουν και να εμποδίσουν ένα φαινόμενο της πεταλούδας που θα οδηγήσει στο τέλος του κόσμου.