Chaque joueur contrôle une Sélène d'un cycle différent. En utilisant le portail Chronosis présent dans chaque biome, le joueur hôte peut invoquer un ami PSN ou être associé à une autre Sélène aléatoire en ligne. La progression de l'hôte détermine les objets disponibles lors de la session multijoueur.
Le joueur qui vole à la rescousse aide la Sélène originale à avancer sur Atropos, sans que sa propre sauvegarde bénéficie de cette progression. L'aventure et les objets disponibles au cours de la session en coopération dépendent de ce à quoi l'hôte a accès.
À la fin de la session, les deux joueurs conservent leur éther, la progression de leur niveau de maîtrise d'arme et leurs entrées de banque de données, ainsi que tout fragment et journal de reconnaissance obtenu. L'hôte conserve également tous les déblocages et capacités permanents gagnés, tandis que son allié voit son niveau de reconnaissance augmenter.