時は841年、ハロル王がこの世を去った。国王崩御の報が国中を駆け巡る中、傲慢で未熟な王子マグナスに王位が継承される。
追い討ちをかけるように、千年の時を経て、悪魔のような疫病「ペスティレンス」が復活を遂げる。冷酷で野心に燃える聖職者のマドリガル・セリーヌは、ペスティレンスを神に自らの力を証明する絶好の機会と捉える。
荒廃した遺跡で反乱勢力と地方政府が支配権をめぐる戦いを繰り広げている辺境の地、サクラ島。この島で各勢力が一堂に会す。
いかなる犠牲を払ってでもペスティレンスを打ち破るという誓いを立てた、驚異的な力を宿す聖戦士「セリム」。その一人が本作の主人公だ。だが、危機に直面している地で、人々の苦難と大規模な政治闘争が主人公の行く手を阻む。あらゆる混沌に立ち向かい、大陸にはびこる悪を一掃して王国の運命を切り開け。