『真・女神転生Ⅴ Vengeance』では、虐げられた者たちによる復讐譚「復讐の女神篇」、そして天使と悪魔の終わらない戦争を描く前作の「創世の女神篇」の2つのルートを収録。
汝よ、神と為れ――。
主人公は縄印学園に通う高校生三年生。
平和な日々を過ごしていたが、ある日トンネルの崩落事故をきっかけに、「悪魔」が跋扈する砂漠と化した東京「ダアト」に迷い込んでしまう。 謎の男「アオガミ」と合一し、禁忌の存在「ナホビノ」となった主人公は、世界の未来を賭けた神と悪魔の戦いに身を投じることになる……。
この復讐は世界を壊す――。
人間を襲い、混沌の世界を作らんとする悪魔たち。
そして神の秩序を守らんとする天使の組織「ベテル」。
対立するこれらの争いに巻き込まれた主人公はダアトを探索中「尋峯ヨーコ」と出会い、行動を共にすることになる。魔法を使用し、共に戦線に立つヨーコと主人公の前に「カディシュトゥ」と名乗る4人の女魔たちが立ちはだかる。
「見つけたぞ、復活の鍵を……」
カディシュトゥ・リリスは主人公を「復活の鍵」と、そして自らを「虐げられる者」と呼ぶ。
果たして彼女たちの目的とは……？
虐げられた者たちによる復讐譚が、今始まる。
